בהיותו בעל השכלה דתית רחבה התמנה בגיל 40 לאב בית הדין הרבני בסופיה, אך לשיא תהילתו הגיע הרב דניאל ציון בימי מלה"ע השנייה, כאשר מילא את תפקיד הרב הראשי של יהודי בולגריה. באותה תקופה נודע בשל נכונותו לצאת למאבק גלוי נגד תכנית הגירוש של יהודי בולגריה למחנות ההשמדה. על נכונות זאת אף שילם מחיר אישי כבד – הוא נעצר ונכלא ע"י קלגסי המשטר הפשיסטי במחנה הריכוז הידוע לשימצה בבולגריה – סומוביט.
הרב דניאל ציון היה בעל כריזמה אישית גדולה ורבים העריצוהו. אך הוא היה גם אישיות שנוייה במחלוקת בשל השקפותיו הדתיות. לקראת סוף חייו הואשם הרב ציון בסטיה לכיוון הנצרות, דבר שהוא עצמו הכחיש מכל וכל.
ביוגרפיה קצרה של הרב דניאל ציון שנכתבה ע"י תלמידו הרוחני, אליעזר אנסקי. הביוגרפיה שנכתבה בבולגרית תורגמה ונערכה ע"י הבת של נכדתו, טליה שניידר:
בקרב יהודי בולגריה יצא שמו של הרב דניאל ציון לפניו, כאדם של מוסר וחסד, כמחנך וכאישיות רבת פעלים. שלוש אותיות היו חקוקות על טבעתו, א.א.א, אהבה אמת ואמונה, והוא מעולם לא הסתפק במילים יפות בלבד. שלושת אלה היו:
• נטועים בעומק לבבו כדרכו בעבודת ה’.
• שגורים על לשונו באלפי דרשותיו הפונות אל נפש האדם בכלל ואל היהודי בפרט.
• וממלאים את כל מעשיו מבוקר עד ערב, מילדותו עד זקנותו בשיבה טובה.
אמנם היה הרב הנכבד בקי בתורה, בגלוי ובנסתר, ותורת הקבלה עוברת כחוט השני בין כל שיחותיו, אך את דבריו העמוקים ידע תמיד לנסח בהתאם למאזינים לו, במילים פשוטות ובשפה קלה. כך חזר והדגיש כי עיקר עבודת היהודי היא דווקא בשכלול והשלמה של מידותיו הוא, וכי תמציתה של אמונתנו היא לזכות להמיר את רגשותינו האנוכיים ברגשות ובמעשים לטובת הזולת, מתוך שאיפה לאחווה ושלום בין הבריות. בדבריו אלה עורר את לב שומעיו לערך הפנימי של כל הדינים, החוקים, המשפטים והמנהגים.
אך עוד בדורו ראה הרב דניאל את החלשות התורה והמצוות בחיי העם, בד בבד עם התגברות התאוות החומריות. הוא ראה בהתרוקנות התוכן של חיי התורה, והדבר זעזע את ליבו ירא ה’. הוא לא חסך מילים כדי להוקיע את אלה הסוגדים לאלילי זהב וכסף כשהם משקיעים את כל מרצם וכספם ברדיפה אחר נוחות ותאוות חומריות, במקום להקדיש עצמם לעזרה לזולת בכלל ולנזקקים בפרט. הוא עצמו שימש דוגמא חיה לכל מי שבא במחיצתו, כי אכן שאף בכל ליבו להשתלמות רוחנית ומוסרית בלתי פוסקת כזאת. אין להשתומם אם כן כי על אף שדבריו מצאו הד בליבם של המונים, נחשב הרב דניאל בעיני רבים לאדם בלתי מציאותי. וכי משה רבנו לא היה לבעל דמיון בעיני הרבה מבני ישראל, כשהטיף להם לגאולה מידי פרעה מלך מצרים? אכן כל חייו המשיך הרב דניאל בדרכו התמימה, על אף המכשולים הרבים שפגעו בדרכו.
הרב דניאל ציון נולד בסלוניקי ביום ג’ אלול התרמ”ג (1883 למניינם) לאביו רבי שלמה דניאל ציון, ראש בית המדרש לרבנים בית יוסף. הוריו היו אדוקים מאוד וחיי המשפחה התנהלו בקדושה ובטהרה רבה, והיו מקפידים במצווה קלה כבחמורה. הבית היה בית ועד לחכמים, וההורים עסקו הרבה בצדקה למרות עוניים.
כל היום עבר בברכות ובתפילות. אך האב שלמה לא היה זקוק למקל ולרצועה, שהיו אז כלי חינוך מקובלים, כדי לעורר את בנו לתפילה ולמצוות, כי הילד דניאל בעצמו היה רץ ברצון רב לקיים התורה לפרטיה ודקדוקיה. סלוניקי עצמה הייתה מקום שוקק תורה, והרב דניאל גדל בסביבה של דתיות עמוקה, מה שהשפיע על כל חייו. עם סיום תלמוד התורה, המשיך את לימודו בבית המדרש לרבנים. הוא היה עושה ימים כלילות ממש בפועל בלימוד תורה, ואף נזהר שלא יבטל לימוד תורה אפילו שעה קלה, ואף את ארוחתו האחת היה אוכל בחיפזון. עוד אז כנער ידוע שהיה מקפיד מאוד על לשונו, מלדבר רע על אחרים, ובמיוחד הקפיד במצוות כיבוד אב ואם. הוא התפרסם בקרב היהדות החרדית בסלוניקי כלוחם נאמן בעד תורת ישראל ודתה.
מגיל עשרים כבר היה שקוע בעשייה קהילתית, כשכיהן כחזן. למרות מצבו הכלכלי מעולם לא הסכים לקבל כסף בעבור חזנותו, והיה אומר: “סבור אני שעבודת הקודש אינה מלאכה פרופסיונלית, שכל הרוצה לעסוק בה בא ועוסק, אלא זוהי מתנה הנתונה לאדם מהקב”ה”. לכן שלח ידו במסחר, והקדיש לכך בכל יום שעתיים בלבד. את מיטב זמנו הקדיש לעבודתו הרוחנית.
בגיל שלושים (שנת 1915) נשלח על ידי רבו, הרב יעקוב מאיר, לכהן כחזן בבית הכנסת בסופיה בולגריה. בסופיה גילה הרב דניאל כי הקהילה התרחקה מאוד מאהבת התורה, והדבר הניע אותו לייסד שתי אגודות, את אגודת “שומרי שבת”, ואת חברת הצדקה “מתן בסתר”. קריאתו “פרוס לרעב לחמך” (ישעיהו) נשמעה בנאומיו לעיתים תכופות. ובמהרה בא הקהל לידי הכרה כי ביצירתן ובביצוען של שתי האגודות עוסקות ידי אמן הראוי לשמו, וכי לפניהם לא חזן רגיל, כי אם מחנך ואיש מעשה.
בשנות הארבעים לחייו, תחת השפעת הרוח הציונית החדשה, התחיל רבי דניאל להטיף לטובת רעיון התחייה. הוא סבר כי התרחקות היהודי מדתו הוא נגע של ממש, מחלה או קרע בנשמה היהודית, והאמין כי יתאחו ויתרפאו הקרעים אך ורק כשיחזור העם לארץ אבותיו. הדבר לא היה לטעמם של ראשי הקהילה בסופיה, והוא עזב את העיר ועבר לכהן בקיוסטנדיל למספר שנים, וגם שם ראה ברכה בעמלו. אך תוך זמן קצר נקרא לחזור לסופיה. הפעם התייצב שם כאב בית דין, והוא בן 40 ,והתמסר בכל ליבו לעבודה חינוכית.
כאב בית דין הופנו אליו שאלות רבות מקרב כל החוגים של יהדות בולגריה. הוא הניח לספרדית וללדינו, למד בולגרית במהרה והחל נושא דבריו בשפתם. גם מן העט לא הניח ידו. בין השנים 1931 ל-1946 הוא כתב כ-15 ספרים.
במלחמת העולם השנייה כשהלחץ הגרמני לגרש את יהודי בולגריה גבר והלך הציע אלכסנדר בלב (שעמד בראש הקומסיריון לענייני יהודים והיה מופקד על הטיפול ביהודי בולגריה) תכנית לגירוש היהודים ובה שתי אפשרויות: מסירה ישירה של יהודי סופיה לידי הגרמנים או הגלייתם לעיירות השדה כשלב ראשון טרם גירושם מהמדינה. הרב דניאל ציון ניסה בכל האמצעים שברשותו להגיע למלך על מנת למסור לו את “דבר האלוהים” הקורא להצלת היהודים. משבקשתו לא ניתנה לו הוא פנה למטרופליט סטפן. סטפן נוקט מיד בצעדים אקטיביים ומעביר מספר הודעות למלך הכוללות תחינות “לגלות רחמי אב כלפי היהודים” וגם אזהרות בנוסח “אל תרדוף כדי שלא ירדפוך. באותה מידה בה אתה מודד-ימדדוך, דע לך בוריס שעל מעשיך משגיח אלוהים בשמים”.
לבסוף בוחר המלך באפשרות השנייה מה שמעקב את מסירת היהודים לגרמנים. כשקבלו תושביה היהודים של סופיה את צווי הגירוש הם ארגנו ב 24 -במאי 1943 הפגנה גדולה. הרב דניאל ציון ורבים מראשי הקהילה, ביניהם חתנו הרב אלברט (אברהם) בן בסט נעצרו, ונשלחו ל”סומוביט”, כבני ערובה. על הקורות אותם ב”סומוביט” כתב הרב דניאל ציון בספרו: “חמש שנים תחת המשטר הפשיסטי”. רעב והתעללות היו מנת חלקם במחנה עד לשחרורם עם גמר המלחמה.
יהודי סופיה גורשו לערי השדה. תכניתו המרושעת של אלכסנדר בלב לגשת לשלב השני ולמסור את כל יהודי המדינה לידי הגרמנים לא יצאה לפועל. גירוש יהודי בולגריה נדחה שוב ושוב ולבסוף הופך לבלתי אקטואלי כאשר באוגוסט 1943 מת באופן פתאומי המלך בוריס ובמקביל חלה הרעה במצב המלחמתי של גרמניה כשבנות הברית פולשות לאטליה וקיים החשש של פלישה לבלקנים עד שבספטמבר 1944, עם התקרבות הצבא האדום לגבולות בולגריה, מכריזה הממשלה החדשה על מלחמה בגרמניה.
לאחר המלחמה, עם רוח ההשכלה שפגעה גם ביהדות בולגריה, החל הרב דניאל ציון מוציא לאור את הירחון “האור” בו כינס את תשובתיו על השאלות המדעיות השונות, ונראה כי קלע למטרה על פי מכתבי ההערצה שנכתבו לו על ידי מאות חותמים. כעת לראשונה בחר לאפשר גם פרסום של מאמרי נוצרים, ועל כך
הואשם בכפירה.
“לא זנחתי את היהדות, להיפך, אני חדרתי לתוככי היהדות ואני מקיים את כל מצוות התורה. לעניין זה יעידו מעשי לטובתי כאלף עדים. אין לי בית כנסת בבת ים ואינני מטיף לנצרות, להיפך, כתבתי חוברת שמדברת נגד הנצרות. יש לי בית כנסת ביפו, “שער השמיים”, ואנחנו מתפללים כל יום, בשבתות ובחגים כמו בכל בתי הכנסת . ההאשמות שהשתייכתי לכת שמתפללת לשמש, הן שקרים. איני לא יודע אם קיימת כת כזאת בישראל. אני יודע שקיימת כת כזאת בבולגריה, שחבריה קמים עם זריחת החמה על מנת להתפלל לאלוהים על כל הדברים הטובים שעשה, כמו זה שנתן לנו את השמש שמאירה את האדמה וכו’… במילים אחרות – אותם דברים שגם אנחנו היהודים מודים לאלוהים עליהם בתפילות, בהן אנחנו מודים לבורא האור”.
גם כשעלה ארצה בשנת 1948 עם משפחתו, המשיך בדיאלוג זה עם העולם הנוצרי, וגם כאן סבל בגלל כך הכפשות ופגיעה מאת הרבנות הראשית, ואף סגרו את בית הכנסת שלו בבת ים. מדוע? האם חז”ל לא היו באים בדברים עם חכמי רומי? אך כהרגלו בקודש, מעולם לא התעמת עם רודפיו, והקפיד שלא לדבר לשון הרע על איש. תמיד המשיך בדרכו האחת: לקרב את שומעיו ללכת בדרך ה’, ולהתרחק מחומרנות. עד מותו חזר ולימד דבר אחד: “ואהבת לרעך כמוך”, והראה לנו כיצד המפר דרך זו מביא על עצמו ייסורים שלא במהרה הוא נפרע מהם. בשאלות הרבות שנשלחו אליו ראה כיצד בני דורו מתחילים לראות באדם רק חומר ככל החומרים, וכך מאבדים את הדרך הטהורה של התורה. הוא הבין כי העולמות העליונים אינם נתפסים על ידי הרוב המכריע של בני האדם, ורק מעטים רואים אותם, מפני שחושיהם הדקיקים עדיין ערניים, ולא נרדמו בהשפעת גסות החיים.
הוא התמכר בכל ישותו לעבודתו הרוחנית הפנימית, ולא שהה אל המתנכלים לו. בעיני רבים היה הרב דניאל “מציץ ונפגע כאלישע בן אבויה”, אבל הוא ידע שאין כך הדבר, וכי רגליו עודן נטועות בקרקע בעשיית חסד למען הזולת, תכונה שהנחיל גם לארבעת בניו ולביתו היחידה.
בגיל שמונים וחמש עוד המשיך ללמד את דרכו הייחודית לכל מי שרצה לשמוע, והוציא לאור ירחון על תורה וטבעונות, בשם “הטבע ואתם”. גם דברים אלה היה מקיים בגופו, והקפיד לרוץ לאורך הים בכל יום, לאסוף לו אצות למאכל, ולכבד את אורחיו בזירעונים ופירות יבשים. מגיל שמונים עד שמונים ושש ניהל יומן זעיר בו רשם את מסקנותיו בעבודת ה’, וכיצד יכול אדם לקיים את אהבת הזולת הלכה למעשה. עד סוף ימיו הקפיד במצוות, לשמור שבת, להניח תפילין בכל יום, ולדבר אל בוראו. לקראת סוף ימיו לא מצא עוד סיבה להרבות בדיבורים, כדבר חז”ל “כל ימי הייתי בין חכמים ולא מצאתי לגוף טוב משתיקה”. מי שהיה עולה לבקרו בחדרו היחיד בקומה השלישית ביפו, יכול היה לשמוע את שירתו עוד מחדר המדרגות הנאה. החדר היה שטוף אור, ובמרכזו עמד עוגב, והרב דניאל היה שמח לזמר מניגוניו לאורחיו.
ב-13 בנובמבר 1976, בגיל 96, נפטר בשיבה טובה.