התפתחותה של מערכת החינוך היהודית בבולגריה הואטה בעשור השני של המאה העשרים, עקב המלחמות בהן המדינה השתתפה. מאז תחילתן של מלחמות הבלקן בשנת 1912 ועד 1919 כאשר הסתיימה מלחמת העולם הראשונה, נמצאו מוסדות החינוך של הקהילה בתנאים קשים. לאחר נסיגת האליאנס, החזקתם של בתי הספר היהודים הפכה לקשה בהרבה. תנאי המלחמה במדינה לא אפשרה פעילות סדירה של בתי הספר שלה בשנים הללו. חלק גדול מהמורים גויסו לצבא הבולגרי ומבנים רבים השייכים לבתי הספר שימשו בתי חולים צבאיים או קסרקטינים.
הלימודים הסדירים בבתי הספר של הקהילה התחדשו בשנת 1919, אך התנאים עדיין היו קשים מאוד. נדרשו הוצאות כספיות גדולות לשיפוץ המבנים ותחזוקתם, כמו גם לעזרה לתלמידים העניים וליתומים של חללי המלחמה. בתי הספר היהודים לא קיבלו עוד כספים מהאליאנס ותקציב ועדי בתי הספר שב והתבסס כבעבר על מקור אחד עקרי – המסים הקהילתיים. בנוסף, חלק מהמורים אשר שבו מן המלחמה לא חזרו למקצוע בשל המשכורות הנמוכות. בתנאים הללו התלמידים היו צריכים להשלים את חומר הלימודים, אשר הפסידו בזמן המלחמה, וההנהלה הייתה צריכה להתאים את תכנית הלימודים, אחרי העברת כל בתי הספר של חברת כי"ח לרשת בתי הספר הקהילתית אחידה.
בחודש פברואר 1920, אחרי תום המלחמה, נערכו בחירות הראשונות לועדי בתי ספר של הקהילה היהודית בבולגריה. בבחירות אלו הופיעה לראשונה רשימה חדשה – היהודים הקומוניסטים. המלחמה ותוצאותיה הביאו לחיזוק השפעתן של התנועות והמפלגות הסוציאליסטיות בכל אירופה וליצירתם של פלגים קומוניסטים, שיוצאו מהן. הקבוצות של היהודים הסוציאליסטיים והקומוניסטים הציגו בבחירות אלו תוכן אנטי ציוני ביסודו, דגלו בקיומה של תוכנית לימודים זהה לזאת הנלמדת בבתי הספר הממשלתיים ולהוראה בשפה הבולגרית בכל המקצועות חוץ משיעורי הדת. הקומוניסטים הלכו אף רחוק יותר ויצאו לסגירת בתי הספר הנפרדים של הקהילה.
למרות שמספר פעמים במהלך השנים הבאות, הצליחו רשימות הסוציאליסטים והקומוניסטים לנצח בבחירות לועדי בתי הספר בכמה קהילות, בתקופה שבין שתי מלחמות העולם שלטה בדומיננטיות ההסתדרות הציונית בהנהגת הקהילות בבולגריה. הכינוס הראשון לאחר המלחמה של נציגי הקהילות, אשר נערך בשנת 1920, קבע יסודות ועקרונות חדשים לארגון יהדות בולגריה ובפרט למערכת החינוך של קהילותיה. היא הפכה לאחת מזירות הפעילות המרכזיות של ההנהגה החדשה, הקונסיסטוריה. ב"תקנון לארגון ולניהול הקהילות היהודיות והקונסיסטוריה בבולגריה" אשר התקבל בכינוס, נקבע העיקרון לשוויון מעמדם של ועדי בתי הספר וועדי בתי הכנסת, וסדרי הבחירות אליהם. למעשה התקנון חזר על הסעיפים של "תקנות לבחירת נאמני בתי ספר לבתי הספר הפרטיים בממלכה" משנת 1914, אך התיקון אשר הוכנס בתקנון העלה את הרעיון לאוטונומיה של ועדי בתי הספר גם מבחינה תקציב.
התקנון הטיל על כל קהילה יהודית בבולגריה לפתוח לפחות בית ספר יסודי אחד מעורב לבנים ולבנות, ועל הקהילות הגדולות משלוש מאות משפחות – גם פרו-גימנסיה מעורבת וגן ילדים. החינוך היהודי חולק לכללי וליהודי, כאשר הראשון מתנהל על פי התכנית של משרד החינוך במדינה ואילו השני – על פי תכנית לימודים מיוחדת ואחידה, אשר תעובד על ידי "המשרד המפקח של בתי הספר". המוסד החדש הזה הוקם ליד הקונסיסטוריה במטרה לפקח על בתי הספר של הקהילה בכל הקשור לחינוך היהודי בהם, לפיקוח על מינוי המורים לשפה עברית ועל מנת לדאוג לאספקת ספרי לימוד ושאר הציוד הנדרש. בראש המוסד עמד מפקח מומחה בתחום ההוראה, הממונה על ידי הקונסיסטוריה ואחראי בפניה. מיד אחרי הכינוס הורכב המשרד המפקח הראשון בראשותו של יושב ראש הקונסיסטוריה יהושע כלב. כיוון שזמן קצר לאחר מכן רוב חברי המשרד התפטרו, הקונסיסטוריה המרכזית החליטה למנות באופן זמני ועדה בת שלושה חברים.
אחד המכשולים העיקרים לקידום בתי הספר היהודים בשנים הראשונות לאחר המלחמה היה המחסור במורים לשפה העברית. לכן בשנתיים הבאות הנהגת הקהילה ארגנה שני קורסים למורים עבריים (שנפתחו על ידי הועד הציוני המרכזי ומאוחר יותר עברו תחת הנהלת וסבסוד הקונסיסטוריה) וקורס אחד לגננות. למרות שבוגרי הקורסים להכשרת מורים לא קיבלו את כל ההכשרה הנדרשת, עם סיום שני המחזורים הראשונים נפתרה באופן זמני הבעיה של מחסור במורים לשנים הקרובות.
לקידום והצלחת מפעל החינוך, נזקקה יהדות בולגריה למפקח פדגוגי מקצועי, אשר יעמוד בראש משרד המפקח, אך הקהילה התקשתה למצוא אדם מתאים לתפקיד בעיקר בגלל חוסר האמצעים כספיים לשכרו. לכן, הקונסיסטוריה הגדילה את הסכום להחזקת המשרד שלוש פעמים בתקציב לשנת 1922/23 עד 65,000 ליבה על מנת לאפשר למנות מפקח מחו"ל.
בתחילת 1922 חיפשה משלחת מטעם הקונסיסטוריה מועמד למפקח פדגוגי במערב אירופה, בד בבד עם המאמצים למצוא רב ראשי חדש ליהדות בולגריה. כתוצאה מחיפושים אלו ב-01.08.1922 התמנה צבי צמחוני – בוכמן למפקח כללי של בתי הספר היהודים בבולגריה. מיד עם תחילת עבודתו כמפקח, הוא היפנה מירב המאמצים להתגברות על בעיית המורים במערכת החינוך של הקהילה דרך הבאת מורים מחו"ל שכן למרות קורסי ההכשרה בפלובדיב, עדיין נותרו בתי ספר יהודיים בבולגריה, שנעדרו בצוותם מורים לשפה העברית. יוזמות אחרות של צבי צמחוני היו הזמנת ספרי לימודי חדשים ואחידים מחו"ל, והקמתה של ספריה נודדת לצורכי המורים בכל הקהילה.
הניסיונות הראשונים לעברות (הוראה בשפה עברית בכל המקצועות, למעט היסטוריה וגיאוגרפיה) נעשו בסופיה, וזאת כיוון שבעיר הבירה בתי הספר הקהילתיים היו תחת ההשגחה מתמדת של המפקח הכללי, כמו גם בשל מספרם הגבוה יחסית של הלומדים בהם. בעזרתו של המפקח, סגל המורים לעברית בסופיה עיבד תוכנית אחידה ובחלק מן הכיתות התחילה הוראה בעברית של כמה מקצועות "טכניים" כמוסיקה והתעמלות.
במשך מספר חודשים מבואו לבולגריה, כבר הצליח צבי צמחוני לבקר בחלק מבתי הספר היהודיים האחרים בבולגריה ולעזור לסגלי המורים המקומיים בעיבוד תכנית לימודים חדשה והכנסת שינויים בשיטות ההוראה. הקונסיסטוריה המרכזית גם תמכה בבתי הספר של הקהילות, אשר נזקקו לעזרה כספית, כדי לתקן את מבניהם ולהתחיל בפעילות סדירה. בקהילת פלובדיב התעוררה בעיה נוספת, מכיוון שבאחד מבנייני בתי הספר היהודים בעיר אוכסנו פליטים בולגריים, אשר הגיעו במהלך המלחמות ואחריהם ממקדוניה ומתראקיה. המאמצים אשר נעשו מצד הקהילה המקומית וגם מצד הקונסיסטוריה להעברת הפליטים למקום אחר לא נשאו פרי במשך שנתיים לאחר המלחמה, דבר שגרם לשיבושים בפעילותו של בית הספר. התלמידים נאלצו ללמוד בכיתות של ארבעים-חמישים ילדים בחדר, והלימודים נערכו גם אחרי הצהרים בגלל חוסר המקום.
המחסור בחדרי לימוד הורגש גם באחד משני בתי הספר בסופיה, בשכונת יוצ'בונאר, ומשום כך חלק מהתלמידים היו צריכים לעבור לבית הספר היהודי המרכזי. בעקבות כך, החלו הנהגת הקהילה והקונסיסטוריה לחפש דרכים לבניית בניין חדש לבית הספר ביוצ'בונאר אולם המאמצים בכיוון זה לא נשאו פרי עד שנת 1928.
למפקח הכללי בבולגריה, צבי צמחוני, אנו זוקפים את הסטטיסטיקה המסודרת הראשונה מטעם הקהילה לגבי מוסדות החינוך שלה. בחודש יולי 1924, הציג המפקח בפני נציגי ועדי בתי הספר דו"ח לגבי עבודתו ולגבי מצב רשת בתי הספר של הקהילה. לפי הנתונים בדו"ח, בקהילות היהודית בבולגריה היו עשרים בתי ספר יסודיים (כלומר עם ארבע הכתות הראשונות) ועוד חמש פרו-גימנסיות (שלוש כתות ההמשך). מלבדם בכמה קהילות קטנות יותר היו קיימים בתי ספר, בהם למדו הילדים לקרוא תפילות בלבד, או שלא היו בהם בתי ספר. בנוסף, באותה שנה פעלו שלושה עשר גני ילדים שבינם המספר הגדול היה בבירה סופיה – שלושה, בשתי קהילות נוספות עם אוכלוסייה יהודית גדולה – פלובדיב ורוסה היו שני גנים בכל עיר, ולעוד חמש קהילות היה גן אחד בלבד.
בשנת 1922 הוקמה ליד הקונסיסטוריה מחלקת חינוך מיוחדת במטרה לדון בכל הנושאים, הנוגעים בענייני בתי הספר ופעילות משרד המפקח. המחלקה הורכבה משני חברים בקונסיסטוריה (אברהם אסא ואלברט רומנו), המפקח צבי צמחוני ומנהל בתי הספר היהודיים בסופיה (יעקב מרגוליס). באוקטובר 1923 חל שינוי בהרכבה לאחר פרישתו של מרגוליס. המחלקה המשיכה את עבודתה בהרכב של שלושה חברים, אחרי שההצעה לשלב איש דת, על מנת להדגיש את הדאגה לחינוך הדתי, לא התקבלה על ידי הקונסיסטוריה וכמו כן הוחלט לא לכלול בה שוב אנשים מסגל המורים.
ב-1923 התכנסה הועידה השנייה של ועדי הקהילות ואחת מההחלטות החשובות אשר התקבלו הייתה על מעבר ללימודים עבריים בכל בתי הספר היהודיים בבולגריה. לגבי ערים סופיה, פלובדיב, חסקובו ופזרג'יק, בהן התהליך של עברות הלימודים החל כבר בשנים הקודמות, הוחלט לפתח את התכנית העברית גם לגבי כיתות נוספות. דעת רוב נציגי הועידה הייתה להכניס את התכנית החדשה גם בכיתות א' של קהילות אחרות. בבעיות, שהעלה המפקח בדוחו המשיכה לדון בשנה הבאה גם הועידה של ועדי בתי הספר. עם זאת, ההחלטות שלה העלו מספר נקודות חדשות. בפעם הראשונה דנו נציגי ועדי בתי הספר על נושא תנועות הנוער היהודיות כדרך להמשך החינוך העברי של תלמידי בתי הספר של הקהילה. כמתאימה ביותר ביניהן נבחרה "השומר הצעיר", והועידה חייבה את ועדי בתי הספר לתמוך בה בכל הדרכים, מבלי לפגוע בתנועות הנוער האחרות ברחוב היהודי.
על החשיבות, שההנהגה הציונית בבולגריה נתנה לחינוך היהודי מעידים התקציבים של הקהילות שחלק גדול מהם היה מיועד להחזקת בתי הספר. הסכומים שימשו בעיקר למינוי צוות מורים טובים, במיוחד במקצועות הנלמדים בעברית, אולם למרות כל המאמצים, המטרה ליצור צוות מורים קבוע, כדי לאפשר הצלחת הלימודים בבתי הספר היהודים, לא הושגה. רוב המורים מא"י עזבו אחרי תקופה קצרה ומספר מורים הוחלפו בכיתות אפילו במהלך אותה שנה.
לאחר שנתיים בבולגריה, בראשית שנת הלימודים 1924/25, המפקח הכללי, צבי צמחוני, עזב את תפקידו. עוד באוקטובר 1924 התמנה במקומו, באופן זמני, מנהל בית הספר היהודי ביוצ'בונאר – צבי אינפלד. הוא לא היה יכול לעמוד בעומס העבודה של תפקידו החדש, בעיקר בגלל חוסר הזמן, בשילוב שני התפקידים. משום כך, מספר חודשים אחרי מינויו כממלא מקום הוא נאלץ להודיע על כוונתו להתפטר. מכשול נוסף בפעילותה של ההנהגה המרכזית של מערכת החינוך שהביא למשבר זמני היווה עזיבתו של אלברט רומנו מההרכב חבריה של מחלקת החינוך וההחלפה התדירה של מזכירי המשרד המפקח במשך שנה אחת בלבד. ההרכב הקבוע של הקונסיסטוריה נאלץ לקחת על עצמו חלק מהעבודה, במיוחד לפני מינויו של אינפלד כמפקח זמני. בהעדר מפקח קבוע והיעדר אפשרות מצדו של צבי אינפלד לפקוד את רובם של בתי הספר מחוץ לסופיה, החלישו המגעים בין ועדי בתי הספר המקומיים והמשרד המפקח. חלק מהוועדים סירבו לבצע את הוראות המשרד והתחילו שוב למנות מורים ללא אישורו של משרד המפקח, דבר שגרם לסכסוכים אף בין הועדים עצמם.
בשל שינוים תכופים בהרכב ועדי בתי הספר ועריכת בחירות לועדים חדשים ללא ידיעת המשרד המפקח, אסרה הקונסיסטוריה כל שינוי בוועד בתי הספר שלא תואם עם ההנהגה המרכזית. הקשיים הדגישו את הצורך במינויו של מפקח כללי חדש, תפקיד שטרם נמצא לו מועמד מתאים עד ראשית שנת הלימודים 1925/26. בין עיקר הסיבות למצב זה היו אי יכולתה של הקונסיסטוריה להעלות את משכורת המפקח והיעדר תקנון להתארגנות הפנימית של משרד המפקח ושל בתי הספר היהודיים בכלל, אשר יגדיר את חובותיו של המפקח ואת זכויותיו.
הנחיצות הרבה במינוי מפקח חדש באה ליד ביטוי בדו"ח של מחלקת החינוך לפני המושב השנתי השישי של הקונסיסטוריה. העדר של אדם מתאים, אשר יכוון את מפעל החינוך של הקהילה, היה בין המכשולים העיקריים לשיפור המיוחל של בתי הספר. לפי הדו"ח המורים הבאים מארץ ישראל נתקלו בסביבה ותנאים זרים המקשים על עבודתם, ואילו חלק גדול מהמורים המקומיים עדיין לא הוכשרו מספיק בעברית ובמקצועות העבריים. בנוסף לעזרה והכוונה הפדגוגית של הסגל הקיים, לדעת חברי המחלקה, מתפקידו של המפקח החדש יהיה לדאוג למינוי מורים חדשים, לעיבוד תכנית לימודים חדשה ולהספקת ספרי לימוד לתלמידים וספרי עזר למורים לפי רשימה אחידה לכל בתי הספר של הקהילה.
הדו"ח של מחלקת החינוך תיאר תמונה קשה של מצב בתי הספר היהודיים ושל תהליך העברות בהם. אפילו במרכזים הגדולים יותר של אוכלוסיה יהודית לא הושגו התוצאות הרצויות ורק בפזרג'יק היה אפשר לציין התקדמות. העלייה בהוצאות החינוך בקהילה, הייתה הסיבה העיקרית לתוצאה זו. תקציב בתי הספר היהודיים עלה במיליון ליבה בהשוואה לשנה הקודמת והגיע לסכום של שישה מיליון ליבה. התמיכה הכספית של המדינה היוותה רק 20% מסכום זה וחלקו הגדול בא מהתקציב הכללי של הקהילה.
עקב המסקנות בדו"ח, מליאת הקונסיסטוריה הטילה על הרכבה הקבוע לפעול למינוי מפקח חדש עוד לשנת הלימודים הקרובה (1925/26) ולחיבור תקנות זמניות להסדר עבודתם של המפקח, משרדו וועדי בתי הספר עד לקבלת תקנות קבועות להתארגנות מוסדות החינוך היהודיים בבולגריה. בנוסף, הקונסיסטוריה דנה בחינוך הדתי של התלמידים שלא לומדים בבתי ספר יהודיים, והמשך התמיכה בתנועת הנוער "השומר הצעיר". בפרספקטיבה כללית, אנו רואים כי הנהגת הקהילה קיבלה החלטות על כל הנושאים והבעיות שהועלו בדו"ח של ממלא המקום מפקח צבי אינפלד.
בתחילת שנת הלימודים 1925/26, הצליחה הקונסיסטוריה למצוא יורש לצבי צמחוני כמפקח פדגוגי בבולגריה ולתפקיד מונה המומחה הפדגוגי יעקב לוי. מיד אחרי מינויו כמפקח ביקר לוי בכל בתי הספר היהודיים של הקהילה. כתוצאה מהביקור והדו"ח שלו על מצב החינוך, קיבלה מחלקת החינוך ליד הקונסיסטוריה החלטה לייסד מוסד חדש – מועצה פדגוגית עליונה, שמטרתה תהיה לעסוק בשאלות החינוך היהודי הלאומי, התארגנותם של בתי הספר ואיחודם מבחינת תוכן הלימודים. המועצה הורכבה מחמישה אנשים נוסף למפקח: המנהלים של מוסדות החינוך היהודיים הגדולים בבולגריה, בתי הספר בסופיה (צבי אינפלד), ברוסה (טיומקין), בפזרג'יק (יצחק נבון), ובפלובדיב (יצחק ספרא), וכמו כן מנהלת הקורס להכשרת מורים לעברית גב' צילה גרינברג.
זמן קצר לאחר שהורכבה, החלה המועצה הפדגוגית את עבודתה ודנה במצב החינוך בבתי הספר הקהילתיים ועל הדרכים לשיפור ועליית רמת החינוך. כמטרה עיקרית ציינו חברי המועצה את חיזוק השפה העברית לתלמידי בתי הספר, ברמה שתאפשר את קריאת הספרים ללא ניקוד.
בשנת הלימודים 1925/26 פעלו כבעבר כל שבע מוסדות הפרו-גימנסיה של הקהילה, מספר גני הילדים עלה ואילו מספר בתי ספר יסודיים יהודיים ירד לעשרים ושניים. בהשוואה לשנת הלימודים הקודמת נסגרו בתי הספר היהודיים בערים סמוקוב, ברקוביצה ופרדיננד ולעומת זאת נפתח בית ספר חדש בקהילת בורגס. בבתי הספר אשר נסגרו מספר התלמידים היה קטן עוד בשנת הלימודים 1923/24 ובשנה הבאה אף ירד עוד, במיוחד בקהילת פרדיננד. שם מ-48 תלמידים בשנת 1924/25 נותרו רק 15. המצב הכלכלי הקשה במדינה באותן שנים שהשפיע במידה רבה על הקהילות הקטנות וכן העובדה כי בתי הספר היהודיים בערים ברקוביצה ופרדיננד היו היחידים שלא קיבלו כל תמיכה כספית לתקציבם לא מהממשלה ולא מהרשויות המקומיות הובילו את הקהילות להחלטה לסגור את מוסדות החינוך היהודי שם והילדים עברו ללמוד בעיקר בבתי הספר הממשלתיים.
למרות המכשולים, בחלק מבתי הספר היהודיים המצב לא הורע ולמשל בסופיה היו אפילו הישגים מסוימים. הועד הצליח למנות את המספר הנדרש של מורים לשפה העברית, וכמו כן מילא את מקום המנהל של בית הספר המרכזי. לתפקיד התמנה פדגוג מברלין, אשר יחד עם המנהל לבית הספר יוצ'בונאר הצליח להכניס מספר רפורמות בתחום שיטות הלימוד, ההיגיינה והסדר בבתי הספר. לעומת המצב המשופר באופן יחסי בסופיה, בקהילות אחרות ובייחוד בקהילות הקטנות הבעיות מכל סוג השפיעו חזק יותר על התפתחות מוסדות החינוך היהודי.
למרות שבמחצית השנייה של שנות העשרים המשבר הכספי השפיע גם על קהילת סופיה, הרי שהודות למאמציהם של חברי ועד בתי הספר וועד בתי הכנסת, מוסדות החינוך של הקהילה הצליחו לשמור לפחות על רמת ההתפתחות שלהם, גם אם לא השיגו התפתחות נוספת. כך, למשל, ביוצ'בונאר, למרות המספר הגדול של הילדים היהודים ברובע, עדיין לא היה קיים גן ילדים ובפרו-גימנסיה היו שתי כיתות של המחלקה הראשונה בלבד.
בתי הספר של קהילת סופיה ניהלו את הלימודים במקצועות היהודיים לפי התוכנית שעיבדה המועצה הפדגוגית, אולם תהליך העברות בסופיה התממש רק בחלקו. מכל הכיתות רק כיתה אחת בבית הספר ביוצ'בונאר למדה חלק גדול מהמקצועות בשפה העברית. פעילות חדשה החלה רק לגבי החינוך הדתי של הילדים, כאשר נפתח בית מדרש קטן. התלמידים מן המחלקות ב' ו-ג' ביקרו בו כל יום שבת ולמדו לקרוא תפילות תחת הדרכתו של הרב. מאוחר יותר בגלל מספרם הגדול של התלמידים, אשר השתתפו בתפילות יום השבת, הם הועברו לבית הכנסת המרכזי בעיר. משנת הלימודים 1928/29 החלו להשתתף בתפילות הללו גם תלמידים מהמחלקה הראשונה של שני בתי הספר וכן כל תלמידות הפרו-גימנסיות, שעד אז לא לקחו חלק בתפילות.
באותו זמן המשיכו הקונסיסטוריה וועד בתי הספר של קהילת סופיה במאמציהם לפתוח גימנסיה פדגוגית יהודית, אך הם לא נשאו פרי. הפתיחה נדחתה מספר שנים ברציפות בעיקר מסיבות כספיות עד שבסוף שנת 1926 דחה גם משרד החינוך באופן רשמי את בקשת הקונסיסטוריה בטענה כי ישנם מספיק גימנסיות פדגוגיות במדינה הפתוחים גם בפני היהודים, הרוצים לעסוק בהוראה. ההחלטה של משרד החינוך לא התחשבה בעובדה כי מטרתה העיקרית של גימנסיה יהודית נפרדת תהיה להכשיר מורים למקצועות היהודיים ואנשים להוראה בשפה העברית, דבר שאף בית ספר בולגרי לא היה יכול להשיג (וכמובן אף לא שאף להשיג). סירוב הממשלה והמכשולים הכספיים שעמדו בפני הקהילה הביאו את הקונסיסטוריה להחליט שלא להעלות בעת ההיא את השאלה בפני הרשויות.
ב-1927 הטילה ועידת הקהילות היהודיות בבולגריה על מליאת הקונסיסטוריה לדון בעניין תקנות להתארגנות בתי הספר היהודיים במדינה ולקבל החלטות בעניין. ואכן, המושב השנתי השביעי של הקונסיסטוריה, אשר התקיים בחודש יולי אותה שנה, קיבל את התקנות אשר הסדירו את מעמדם של כל מוסדות החינוך היהודיים ויחסיהם עם מחלקת החינוך.
לפי התקנות, בארגון בתי הספר היהודיים בבולגריה נכללו כל סוגי מוסדות החינוך של הקהילה: גני הילדים, בתי הספר היסודיים, הפרו-גימנסיות, הגימנסיות (שלא הוקמו לעולם), קורסים ללימודי השפה העברית והקורסים הפדגוגיים אשר נפתחו על ידי ועדי בתי הספר במקום או על ידי מחלקת החינוך של הקונסיסטוריה. הנהגת הקהילה לא ויתרה על המאמץ לתת לילדים היהודים אפשרות לסיים את חינוכם התיכוני בבית ספר יהודי, למרות ששנה קודם לכן התקבל סירוב חד משמעי על ידי משרד החינוך לפתיחת גימנסיה יהודית, ועל אף הבעיות הכספיות, שלא אפשרו במשך השנים לממש יוזמה זו. לדעתם של מנהיגי הקהילה, הגימנסיה אף נועדה לשמש כמוסד פדגוגי להכשרה מוכרת על ידי המדינה של מורים לעברית.
התקנות הסדירו את אופן פעילותם של בתי הספר, של המוסדות האחראים לחינוך היהודי, דהיינו ועדי בתי הספר וועידותיהם, הקונסיסטוריה ומחלקת החינוך שלה, המשרד המפקח והמועצה הפדגוגית העליונה והיחסים בין כל המוסדות האלה. פעילותם הכללית של בתי הספר, הוסדרה על ידי החוקים והתקנות לענייני החינוך שפורסמו מטעם המדינה.
מחלקת החינוך נשארה המוסד העליון במערכת החינוך של הקהילה. היא כללה כקודם שניים מחברי הקונסיסטוריה והמפקח של בתי הספר היהודיים בבולגריה. בסמכותה של המחלקה היה למנות את המפקח הכללי וכמו כן את מנהלי בתי הספר והמורים (אך רק בהסכמתם של ועדי בתי הספר במקום). המחלקה התכנסה פעם בשבוע ופיקחה על ביצוע ההחלטות של ועידות ועדי בתי הספר, שאושרו על ידי הקונסיסטוריה. הסמכות המבצעת הייתה בידי המפקח הראשי. הוא זה שניהל וכיוון את הפעילות המעשית של מוסדות החינוך היהודיים בבולגריה, ערך את תכנית הלימודים במקצועות הספציפיים ואף קבע את רשימת ספרי הלימוד, שעל פיהם התנהלו הלימודים. לשם כך הוא נעזר במועצה הפדגוגית העליונה, שבה השתתפו, מלבד המפקח, מנהלי "הפרו-גימנסיות המלאות" ושני נציגים של ארגון המורים היהודים. המועצה התכנסה פעם בשנה, ערכה את התקנות לסדר הפנימי של בתי הספר והייתה דנה בשאלות פדגוגיות.
המפקח הכללי כיוון גם את עבודת המורים ולמטרה זו היה מתפקידו לבקר לפחות פעמיים בשנה בזמן השיעורים של כל מורה. בנוסף הוא דאג להשתלמותם של המורים והיה מנהל את הספרייה הנודדת. בסוף שנת הלימודים, המפקח היה מגיש דו"ח על פעילות המשרד ובתי הספר למחלקת החינוך. זו מצידה, הייתה מגישה סיכום כללי על מצב החינוך היהודי בבולגריה ועל עבודתה למליאת הקונסיסטוריה. כמוסד עליון של יהודי בולגריה, היה בסמכותה של הקונסיסטוריה לאשרר החלטות הועידות של ועדי בית הספר, ולאשר מינויים של המפקח ועובדי משרדו. קונסיסטוריה דאגה גם לבתי הספר הקטנים שוועד בית הספר במקום לא היה יכול לעמוד בהחזקתו והייתה מסבסדת אותם.
מתפקידם של ועדי בתי הספר היה לדאוג לפעילות הסדירה של בתי הספר בכל מקום, לחיזוק השפה העברית בהם ולחינוך הלאומי של הנוער היהודי, אפילו מחוץ לכותלי בית הספר. חלק גדול מהפעילות של הועדים הוסדרה עוד לפני כן, עם החוק להשכלת העם מ-1909 ומאוחר יותר במהלך השנים עם תקנות מיוחדות של הממשלה.
עם קבלת התקנות הנ"ל שאפה הנהגת הקהילה להסדיר את כל פעילות מוסדותיה, החינוכיים וכך להביא לשיפור מצבם. הליקויים הקיימים ביחסים בין ועדי בתי הספר המקומיים והמוסדות המרכזיים לחינוך בשנים לאחר המלחמה הפריעו להתפתחות בתי הספר היהודיים, אף על פי שרוב ועדי בתי הספר בבולגריה והקונסיסטוריה נמצאו בידי נציגי ההסתדרות הציונית והייתה לכולם מטרה זהה – התפתחות החינוך היהודי והעברי.
בסוף שנות העשרים, אחדות מן הקהילות סבלו מתשתית מצומצמת בחדרי לימוד. כך, אחת הדאגות המרכזיות של הנהגת הקהילה בסופיה ושל הקונסיסטוריה היה המצב בבית הספר יוצ'בונאר שבניינו היה קטן למדי לקבל את כל הילדים היהודים מהרובע שרצו ללמוד בו. ועד בתי הספר נאלץ לחפש דרכים שונות כדי למצוא פתרון לבעיה זו. נעשו שיפוצים בתוך הבניין כדי להגדיל את מספר הכיתות ואפילו הושכר מקום נוסף לשתי הכיתות של גן הילדים. בעיה דומה ניצבה גם בפני בתי הספר היהודיים בכמה מהקהילות בדרום בולגריה. בחודש פברואר נשרף בית הספר היסודי בפלובדיב והופרעה פעילותו הסדירה. בנוסף הייתה באזורים הדרומיים של המדינה רעידת אדמה חזקה, אשר גרמה להריסות ולנזק רב של הקהילות היהודיות במקומות הללו. נהרסו לגמרי בנייני בית הספר היסודי והפרו-גימנסיה בפלובדיב ובית הספר בפזרג'יק, נגרם נזק כבד לבתי הספר בערים צ'ירפאן, חסקובו וסטרה זגורה ולגן הילדים בפלובדיב. בפלובדיב, הודות לפעילותה הנמרצת של מועצת הקהילה, הלימודים התחדשו עשרים יום לאחר הרעש. נבנו מספר צריפים גדולים, שבהם התנהלו הלימודים עד סוף השנה. לעזרת הקהילות היהודיות נרתמה המדינה שאשרה הקצאת סכומי כסף ממקורות הלוואה שהועמדו במקורם לצורך שיקום הפליטים הבולגרים.
למרות הקשיים הכספיים, שתי הקהילות הגדולות ביותר, סופיה ופלובדיב, עשו כל מאמץ כדי להבטיח את התפתחות בתי הספר. בחודש אוגוסט 1928 התחילה בנייתו של בנין חדש ומרווח לצרכי בית הספר ביוצ'בונאר. בניית בית ספר חדש ברובע, המאוכלס במספר רב של יהודים, היה דבר חיוני מפני שהבניין הקיים לא היה יכול כבר לספק מקום לימוד לתלמידי הרובע. זו הייתה אחת מהמטרות העיקריות של ועדי בתי הספר בסופיה בשנים האחרונות, אשר לא הוגשמה מסיבות כספיות. הבניין החדש איפשר לפתוח בקרוב בבית הספר כיתות של מחלקה ג' של הפרו-גימנסיה ולהשלים את קורס הלימודים בה. כך לא היה עוד צורך לשלוח את הילדים מהרובע יוצ'בונאר לבית הספר המרכזי. בחודש נובמבר החלה בניית בית ספר חדש גם בפלובדיב במקום הישן, אשר נשרף בתחילת השנה.
בנוסף למכשולים האחרים, בסוף שנות העשרים נוצר שוב משבר זמני בהנהלת מערכת החינוך היהודית בבולגריה. בבתי הספר היה מחסור של מנהלים ובנוסף, בתחילת 1928 המפקח יעקב לוי עזב את בולגריה. מסיבות אישיות הוא נאלץ להישאר בצרפת ולהודיע לקונסיסטוריה ולמחלקת החינוך כי אין באפשרותו לשוב לבולגריה. כמפקח התמנה יצחק זונטג, שכיהן במשך חודשיים, אך הוא לא הצליח לעמוד בדרישות התפקיד. לכן כממלא מקום שוב מונה מנהל בית הספר המרכזי בסופיה צבי אינפלד.
העדר מפקח פדגוגי קבוע הביאו את המוסדות המרכזיים של יהדות בולגריה למסקנה כי צריך למנות לתפקיד המפקח מומחה מקומי. עד אז התמנו אנשים מחוץ לארץ, מכיוון שלא נמצא מועמד מתאים בבולגריה. הצורך למינוי מפקח מקומי צוין בועידת הקהילות היהודיות בקיץ של 1929 והוחלט לשלוח להכשרה מיוחדת אחד המורים העבריים מבתי הספר של הקהילה. המטרה העיקרית הייתה להפקיד את ניהול המפעל החינוכי של הקהילה בידי מפקח, שמכיר היטב את תנאי הארץ ואשר יוותר בתפקידו זמן ממושך יותר.
בתיאום עם החלטת הועידה, הוקצב סכום מיוחד למלגה למפקח. מכל המועמדים מחלקת החינוך והמועצה הפדגוגית העליונה בחרו במנהל בית הספר היהודי בפזרג'יק יצחק נבון שנשלח ללימודים בבית הספר הפדגוגי ע"ש ז'אן ז'אק רוסו בז'נבה ולאחר מכן המשיך את הכשרתו באוניברסיטה העברית בירושלים.
ועידת הקהילות מ-1929 לא קיבלה את המלצת מחלקת החינוך לשמירת הסטאטוס קוו בנוגע למפקח, עד למינויו של יצחק נבון, והחליטה לפעול שוב למינוי מפקח מחוץ לארץ לתקופה זו. הבעיה נפתרה לבסוף עם חזרתו לבולגריה של יעקב לוי, שהמשיך בעבודתו כמפקח בתי הספר היהודיים במדינה. במהלך שנת הלימודים הוא ביקר את כל בתי הספר היהודיים בבולגריה מלבד זה בקהילת ורנה. תשומת לב מיוחדת המפקח הקדיש לשני בתי הספר בסופיה, בהם הוא ביקר כמעט כל יום, ולבתי הספר בפלובדיב ופזרג'יק, בהם התחיל כבר תהליך העברות. סיבה לכך הייתה העובדה כי משרד המפקח נמצא בבירה וכמו כן העובדה, כי שני בתי הספר הללו נשארו שוב ללא מנהלים לאחר שלא נמצאו מועמדים מתאימים למשרה. לכן נוכחותו ועזרתו של המפקח הייתה חיונית לניהול הפעילות הרחבה של שני בתי הספר הגדולים בקהילה. גם בית הספר היהודי בפזרג'יק נשאר תקופה מסוימת ללא מנהל, אחרי נסיעתו של יצחק נבון לז'נבה לצורך הכשרתו למפקח פדגוגי, אך ועד בית הספר הצליח לפתור את הבעיה עם מינויו לתפקיד של אחד מהמורים.
ביקוריו של המפקח יעקב לוי בבתי הספר הקהילתיים, הוליד דו"ח שנמסר למחלקת החינוך. בסיכומו, ניכר היה שביעות רצונו של לוי מרמתם הטובה של בתי הספר בהיבטים פדגוגיים וחינוכיים. על כך העיבה מצוקה תקציבית שהביאה למצבם הקשה של מוסדות החינוך הקהילתיים. ולכן נראה כי בהיבט כלכלי זה חלה החמרה: ברוב בתי הספר היה חוסר ציוד לימודי, מצבם של הספריות לתלמידים ולמורים היה דומה, והספרייה הנודדת של מחלקת החינוך לא יכלה לספק את צרכי המורים לספרות פדגוגית מקצועית. בחלק מהקהילות ועדי בתי הספר לא יכלו גם לשלם משכורותיהם של המורים במשך כמה חודשים או שילמו להם סכומים מעטים ולא לפי טבלת המשכורות שנקבעה על ידי הקונסיסטוריה.
אחת הסיבות למצב הכספי הקשה של בתי הספר היהודיים ושל הקהילות היהודיות בכלל היה השפל הכלכלי העולמי משנת 1929, אשר השפיע גם על בולגריה. מעמדם הכלכלי של היהודים בבולגריה נפגע מאוד והם לא יכלו לעמוד בפני החזקת בתי הספר שלהם כקודם, באמצעות המיסים אשר שילמו לקהילה. כתוצאה מכך, נאלצו ועדי בתי הספר לצמצם את הפעילות בתחום החינוך. כך בראשית שנת הלימודים 1929/30 ועד בית הספר בקהילת ורנה סגר את הפרו-גימנסיה היהודית בעיר. הסגירה הייתה תוצאה לא רק של מכשולים וקשיים כספיים, אלא גם בשל מדיניותו של הועד בורנה, שנשלט בידי האנטי ציוניים. עוד בבחירות בראשית 1929 הם יצאו עם מצע ששלל תהליך העברות בבתי הספר היהודיים ודרש לסגור את מוסד הפרו-גימנסיה של הקהילה. מאוחר יותר נסגרה גם הפרו-גימנסיה היהודית בשומן.
המחלוקות הביאו למשבר זמני במערכת החינוך של הקהילה בבולגריה מבחינת היחסים בין המוסדות המקומיים והמרכזיים האחראים לבתי הספר היהודיים. המשבר השפיע באופן שלילי על כל הפעילות בבתי הספר, כולל הפעילות הפדגוגית. על חילוקי הדעות האדמיניסטרטיביים התווספו הבעיות הכספיות התמידיות, בייחוד בקהילות הקטנות. במספר רב של קהילות, הנהלות בתי הספר נאלצו לחסוך באמצעות יצירתן של כיתות גדולות. צעדים כאלה נאלץ לנקוט אף בית הספר בקהילת רוסה אשר היה אחד מהגדולים בבולגריה (במקום רביעי לפי מספר התלמידים בו אחרי שני בתי הספר בסופיה וזה בפלובדיב). עקב כל הבעיות העומדות בפני בית הספר תכנית הלימודים העברית הצטמצמה במידה רבה.
מכשול נוסף בפני תהליך העברות היה עדיין המחסור בספרי הלימוד בעברית. ייבוא הספרים מחוץ לארץ הפך לנטל כספי כבד מבחינתם של הקהילות היהודיות, במיוחד כאשר חלק גדול מתלמידי בתי הספר באו ממשפחות עניות ונזקקו לספרי לימוד ללא תשלום. מכשול נוסף הייתה קבלת האישור של משרד החינוך במדינה לשימוש בחומר לימודי בשפה זרה שנכתב על ידי מחברים לא בולגריים, וכמו כן התאמת התוכן לתנאים הייחודיים של בולגריה ולתכנית היהודית.
כדי למצוא פתרון לבעיה החלה מחלקת החינוך ליד הקונסיסטוריה להוציא לאור ספרי לימוד בבולגריה. כיוון שהיה בזה רק פתרון חלקי, מחלקת החינוך וועדי בתי הספר בקהילות הגדולות, שבהם התחיל כבר תהליך של עברות, החליטו להמשיך בביצוע התהליך רק בכמה כיתות ומקצועות מסוימים. מכיוון שזירוז התהליך היה עלול להביא לנזק יותר מאשר לתועלת, התייחסה הנהלת מפעל החינוך של יהדות בולגריה לנושא בזהירות רבה, ותכנית לימודים בעברית הוכנסה רק אחרי שמולאו כל התנאים החיוניים להצלחת התהליך.
בשנות העשרים והשלושים של המאה תהליך העברות בבית הספר היהודי התקיים רק במוסדות החינוך של שלוש מהקהילות – בערים סופיה, פלובדיב ופזרג'יק. בשתי הערים הראשונות התגוררה יותר ממחצית האוכלוסייה היהודית בבולגריה ובבתי הספר שלהן למדו בהתאם יותר מחצי מכל התלמידים בבתי הספר היהודיים. באמצע שנות העשרים נעשה ניסיון להכניס תכנית ללימודים בעברית גם בבית הספר היהודי ברוסה, אשר הייתה הקהילה השלישית בגודלה, אך ניסיון זה לא צלח. סקירה זו מעידה כי רוב מאמצי הנהגת הקהילה לעברות כוונו לערים הגדולות. בקהילות הקטנות יותר התנאים בפני תהליך כזה היו קשים בעיקר בגלל האמצעים הכספיים המצומצמים ומחסור במורים היכולים ללמד בעברית. בבתי הספר בקהילות האלה התקיימו שיעורים ללשון עברית, אך מחלקת החינוך לא יכלה לספק מורים למקצועות נוספים בשפה זו, וועדי בתי הספר לא יכלו לעמוד בפני ההוצאות אשר דרש המעבר ללימודים בעברית.
בסוף 1931 נחנכו הבניינים החדשים של שני בתי ספר יסודיים. בקהילת פלבן הצליחה אגודה, שיוסדה במטרה זו כשנתיים וחצי קודם לכן, לקנות בניין לצרכי בית הספר היהודי, אף על פי שההכנסות היחידות באו מתרומות ודמי חבר. בפלובדיב נפתחו השערים של בניין חדש והלימודים התחילו כבר בחודש דצמבר 1931. חוסר האמצעים אילץ את מועצת הקהילה לדחות את בנייתו של אגף נוסף, כפי שתוכנן. יחד עם זה, המועצה דחתה גם הצעות לחסכון בתקציב הקהילה דרך סגירת הפרו-גימנסיה או גן הילדים. הקשיים הכספיים הפריעו גם למועצת הקהילה בבירה סופיה להשלים את בניית הבניין החדש של בית הספר היהודי ברובע יוצ'בונאר, אך למרות זאת, גם בית ספר זה נפתח ללימודים.
בחודש מאי 1932 מונה כמפקח פדגוגי של בתי הספר היהודיים בבולגריה יצחק נבון, אשר חזר לבולגריה לאחר סיום לימודיו בז'נבה ובא"י. מינויו של יצחק נבון התקבל בתקווה על ידי כל הגורמים האחראים להתפתחות החינוך היהודי, מפני שהעדר אדם קבוע בתפקיד המפקח גרם להפחתת הפיקוח על מוסדות החינוך ולהיחלשות הקשר בין המרכז לבין הועדים המקומיים. יצחק נבון היה אחד מהאישים המתאימים ביותר לניהול תהליך העברות בקהילה ולא רק בגלל הכשרתו העברית בארץ ישראל, אלא מכיוון שלפני יציאתו להשתלמות הוא עבד מספר שנים כמנהל בית הספר היהודי בקהילת פזרג'יק. בזמן עבודתו בוצעה העברות מכיתה א' עד למחלקה א' של הפרו-גימנסיה. בכל הכיתות הללו נלמדו בשפה העברית המקצועות היסטוריה כללית, חשבון, גיאומטריה, גיאוגרפיה וידיעת הטבע. יצחק נבון השתתף גם בעבודת המועצה הפדגוגית העליונה והועד המרכזי של ארגון המורים העבריים. בפעם הראשונה, במשרת המפקח הכללי כיהן מומחה פדגוג שנולד בבולגריה והכיר היטב את התנאים הספציפיים של הארץ.
בחודש יוני 1932 נערך בסופיה הכינוס השני של הקהילות היהודיות בבולגריה. במהלך הוועידה התקבלו מספר שינויים בסעיפי התקנון של שנת 1920. לפי התקנון החדש, כל קהילה יהודית הייתה צריכה לפתוח לא רק בית ספר יסודי, אלא גם גן ילדים. בתקנון מ-1920 הדרישה לפתיחת גן הייתה לקהילות עם יותר משלוש מאות משפחות. השינוי היה ביטוי של החשיבות שנתנו הציונים לחינוך בגן כשלב ראשון במערכת החינוך היהודית וכתנאי מוקדם להצלחת תהליך העברות. כביטוי של השאיפה לעברות הלימודים בבתי הספר היהודיים הוכרז בתקנון כי הם מתנהלים בשפה העברית במקצועות הכלליים. לעומת זאת, השפה שבה נלמדו המקצועות לשון היסטוריה וגיאוגרפיה נותרה כבעבר בבולגרית, בהתאם לחוק להשכלת העם.
בתקנון הוכנס סעיף חדש, אשר היה בהתאם לתקנות התארגנות בתי הספר היהודיים, אשר מיסד את מקומה של מחלקת החינוך של הקונסיסטוריה כהנהגה עליונה של מערכת החינוך היהודית בבולגריה. הנהגה זו הורכבה על ידי ארבעה חברים, שמהם שלושה היו מההרכב הקבוע של הקונסיסטוריה והרביעי הוא המפקח הכללי. בהשוואה לתקנות מ-1927 הורחב הרכב המחלקה בחבר אחד. במקרים של דיון בשאלות פדגוגיות הוזמן גם נציג של הסתדרות המורים העבריים, ובדיון הזה הקול המכריע היה של המפקח.
הרוב הגדול של הקהילות היהודיות עדיין החזיקו בית ספר יסודי בלבד ורק בערים הגדולות היו פרו-גימנסיות. לדעתה של מחלקת החינוך, במקומות עם קורס לימודים של ארבע שנים הילדים לא היו יכולים לקבל חינוך יהודי במידה מספקת והתוכנית שעובדה על ידי המחלקה לא הייתה נותנת את התוצאות הרצויות. לכן, המחלקה הציעה לייסד שתי פרו-גימנסיות חדשות. הרעיון היה לשני בתי ספר עם פנימיות לידם – אחד לבולגריה הצפונית ואחד לדרומית[1][63] – שיעניקו אפשרות להמשך הלימודים בפרו-גימנסיה יהודית גם לילדים שסיימו בתי ספר יסודיים בקהילות הקטנות, שלא היה באפשרותן להחזיק בכוחות עצמיים פרו-גימנסיות. המצב הכלכלי של יהדות בולגריה לא אפשר יישומו של הרעיון הזה למרות שהוא היה מיועד לחסכונות בהוצאות החינוך.
גם בקהילה הגדולות ביותר, סופיה ופלובדיב, למרות המאמצים המשותפים של מחלקת החינוך והמפקח יצחק נבון ושל ועדי בתי הספר, תהליך העברות עדיין לא בוצע בכיתות הפרו-גימנסיה, אלא רק בכיתות בתי הספר היסודיים ואפילו בהן לא כל המקצועות נלמדו בעברית.[2][64] ולמרות זאת, בציוני התלמידים מהכיתות, שלמדו בעברית, לרבות בכיתות ד', שניגשו למבחנים בשפה הבולגרית במקצועות, בהם הילדים למדו את החומר בעברית במשך שנה, לא חלה נסיגה.
להצלחת הלימודים בבתי הספר של הקהילה היו חשובים גם התנאים שבהם למדו הילדים. בסדר העדיפויות הראשונה עמדה שאלת הבניינים של בתי הספר. בתחילת שנות השלושים אפשר לראות שאיפה של הקהילות לבנות או לרכוש בניינים חדשים ומתאימים יותר לצרכי הלימודים. פעילות בכיוון זה הייתה בקהילות סופיה, פלובדיב, פלבן וכו', אך ברוב המקומות הקשיים הכספיים לא אפשרו למועצות הקהילות לממש את תכניותיהם כרצוי. לכן הן חיפשו דרכים נוספות לפתור את גרעון התקציב בקהילה, המיועד לבניית בית ספר. בעיר פזרג'יק, למשל, הוציאה הקהילה בולים מיוחדים כדי לגייס כספים ובפלובדיב התחילה הגרלה, שהכנסותיה היו אמורות לשמש לסיום הבנייה של בית הספר החדש. גם בסופיה ועד בתי הספר לא יכול היה לספק את הכספים הנדרשים כדי לסיים את הבניין החדש של בית הספר ביוצ'בונאר. הדו"ח של מועצת הקהילה ציין כי גם בניין בית הספר המרכזי היה זקוק לשיפוץ יסודי. לדעת נציגי ועדי בתי הספר, הבניינים הלא מתאימים היו אחד מהמכשולים העיקריים אשר עמדו בפני התפתחות חינוך התלמידים, ואף השפיע לרעה על בריאותם. המחסור באולמות וחצרות מתאימים אילץ חלק גדול מהתלמידים להישאר בחודשי החורף במסדרונות בית הספר או בכיתות. בחלק מהבניינים הכיתות עצמן לא התאימו למטרתן, והדבר הפריע לניהול פעילות סדירה בבתי הספר.
בראשית שנות השלושים התדרדר מצבם של בתי הספר היהודיים גם מבחינת הציוד הלימודי. הציוד הנמצא היה מיושן ובמצב לא טוב, לחידוש הציוד לא היה כסף מטעם הועדים. מצב דומה שרר בספריות לתלמידים ולמורים, אף על פי שהודות למאמציו של המפקח יצחק נבון, חלק גדול מבתי הספר היהודיים בבולגריה קיבלו ספרות לימודית ופדגוגית לצרכיהם. ועדי בתי הספר ציינו את המצב הקשה, לא רק בדיווחיהם לפני הקונסיסטוריה ומחלקת החינוך שלידה, אלא גם בבקשותיהם לתמיכה כספית מהרשויות המקומיות. אחת הסיבות לעיכוב אספקת הספרים העבריים היה מחירם הגבוה ולכן מספר הספרים הבולגריים בספריות בתי הספר תמיד היה גדול מזה של הספרים הנקנים מחו"ל.
התנאים בפני בתי הספר של המיעוטים בבולגריה, לרבות מוסדות החינוך של היהודים הורעו אחרי ההפיכה הפוליטית מ-1934. במדינה התקיים שלטון רודני עם מגמה ברורה למרכוז כל החיים הפוליטיים וחברתיים. השאיפה למרכוז ופיקוח ממשלתי מוגבר אפשר לראות גם במדיניות השלטון בענייני החינוך ובייחוד ביחס של הרשויות כלפי בתי הספר הפרטיים. הרעיונות למדינת לאום חברתית מסגנון חדש שעלו באיטליה ובגרמניה חדרו גם לבולגריה.
בשנת הלימודים 1934/35, יצאו תקנות חדשות, אשר היו עלולות לגרום נזק למערכת החינוך של הקהילה היהודית בבולגריה והעמידו בספק את עתידה. לפי התקנות, נאסר על המורים היהודים ללמד את המקצועות היסטוריה, שפה, גיאוגרפיה בולגרית ופעילות גופנית. הקונסיסטוריה ראתה בתקנה לא רק פגיעה במערכת החינוך של הקהילה אלא גם בשוויון הזכויות של אזרחי המדינה, מכיוון שהתקנה הייתה ביטוי ראשון של מדיניות רשמית המבדילה בין היהודים והבולגרים נתיני המדינה.
במהלך השנים 1934-1935, על אף שהקונסיסטוריה הצליחה להשיג אישורי עבודה זמנים למורים היהודים, הרי שמעמדם הלא ברור השפיע על כל פעילותה של מערכת החינוך של הקהילה. נתון בלחץ וחששות שיפוטר, הושפע המורה היהודי קשות, ועבודתו הפדגוגית נפגעה. מכיוון שנוכחותו בסופיה הייתה חיונית במטרה שיוכל לדאוג לזכויות המורים היהודים לפני הרשויות, גם המפקח לא הצליח לבקר את בתי הספר בקהילות באותה שנת לימודים והסתפק בפיקוח תדיר של שני בתי הספר היהודיים בבירה. רק אחרי קבלת האישורים ביקר יצחק נבון במוסדות החינוך של הקהילה גם מחוץ לסופיה.
אחרי המהפכה מ-1934, בוטל העיקרון של בחירות לועדי בתי הספר הפרטיים בבולגריה. כעת ועדי בתי הספר הורכבו מיושב ראש ועד הקהילה, הגזבר והמורה הראשי, אליהם צורף איש דת ואזרח משכיל, אשר מונו על ידי הקונסיסטוריה. הנהגת הקהילה עשתה מאמצים לשמירת עקרון הבחירות לועדי בתי הספר היהודיים, אך הם לא נשאו פרי, מכיוון שעקרון זה בוטל באופן כללי לגבי כל המוסדות מסוג זה במדינה. משום כך, נציגי הקונסיסטוריה שנפגשו עם חברי הממשלה ביקשו לתת לראשי ועדי בתי הכנסת וגזבריהם את הזכות להסמיך חברי קהילה אחרים לנהל את עבודת ועדי בתי הספר במקומם. הבקשה נעשתה בניסיון להקל על האנשים בתפקידים האלה (אשר היו גם תפקידי כבוד), במיוחד בקהילות הגדולות, מפני ששילוב התפקידים היה משפיע לרעה בפעילות המוסדות הקהילתיים בגלל עומס העבודה. אף על פי שהרשויות נענו לבקשה זו, רק בכמה קהילות ניצלה הזכות להעברת הסמכויות. ברוב המקומות המשיכו ראשי ועדי בתי הכנסת והגזברים לנהל את פעילות ועדי בתי הספר. הסיבה לכך הייתה כי היו אלה קהילות קטנות יחסית עם פחות עבודה משרדית.
תקנה נוספת, אשר הוציאה הממשלה ב-1934, אסרה על היהודים לפתוח את בתי הספר שלהם ללימודים בימי ראשון. היא התבססה על "חוק החגים ומנוחת יום ראשון" שקבע את יום ראשון כיום מנוחה, בו לא מתקיימים לימודים בבתי הספר. בכך היה משום שינוי ההיתר הקיים משנת 1878 ואילך לסגירת בתי הספר היהודיים בימי שבת ופתיחתם בימי ראשון במקום. לפי הוראת משרד החינוך מחודש אפריל 1911 בתי הספר היהודיים היו צריכים להיסגר רק בחלק מהחגים הרשמיים במדינה (סך הכול תשעה ימים בשנה). שאר החגים הלאומיים ודתיים לא היוו חובה למערכת החינוך של הקהילה ובהם היה מותר לנהל לימודים.
הקונסיסטוריה נקטה צעדים לביטול ההוראה, מכיוון שבסוף שנת 1934 הרשויות כבר אסרו במספר מקומות את קיום הלימודים ביום ראשון במוסדות החינוך של הקהילה. מנהיגי הקהילה, בפגישותיהם עם השרים הרלבנטיים, הסתמכו על החוזר הנזכר של משרד החינוך משנת 1911, המאשר את קיום הלימודים בבתי הספר היהודיים בימי ראשון. בנוסף, מסרו משלחות הקונסיסטוריה לשרים מכתבים שהתקבלו מהקהילות היהודיות בארצות השכנות לבולגריה ואשר העידו כי בהן השלטונות אישרו לבית הספר היהודיים לנהל את הלימודים ביום ראשון וכך לשמור על קדושת השבת. למרות שבסוף 1934 ההנהגה היהודית הצליחה להשיג הוראה מיוחדת מטעם משרד הדתות, שאפשרה את פתיחת בתי הספר היהודיים בימי ראשון, לא הושג אישור קבוע בעניין.
האיסור על לימודים ביום ראשון היה עשוי לגרום לנזק פדגוגי לבתי הספר ולחינוך היהודי בכלל. מכיוון שהילדים לא למדו בשבת, הם היו צריכים לעבור על כל החומר, שבכל בתי הספר האחרים הועבר בתוך שישה ימים, רק בחמישה ימים, ובנוסף ללמוד את המקצועות העבריים, לפי התכנית של מחלקת החינוך. לאחר שלא קיבלה אישור הממשלה, פנתה מחלקת החינוך ליד הקונסיסטוריה בבקשה לבית הדין העליון לאשר לימודים ביום שבת. כיוון שגם החלטת בית הדין לא אפשרה הכנסת השינויים במצב הקיים, הלימודים בבתי הספר היהודיים התנהלו רק במהלך חמישה ימים בשבוע.
למרות התקנה, שהוציא משרד החינוך ב-1934, האוסרת את הלימודים במוסדות החינוך היהודיים בימי ראשון, הקשיים למימוש תכנית הלימודים הן במקצועות הכלליים והן במקצועות הספציפיים בחמישה ימים בלבד אילצו את בתי הספר בקהילות היהודיות לחרוג מההוראה ולכלול במערכות הלימודים השבועיות שלהם שיעורים גם ביום ראשון.
באמצע שנות השלושים, מלבד המכשולים אשר נוצרו בפני בתי הספר היהודיים על ידי השלטון, היה מפעל החינוך של הקהילה במשבר בגלל המצב הכספי הקשה שפקד את כל הקהילות היהודיות במדינה בשנים האחרונות. כתוצאה, חלק מבתי הספר הקטנים יותר נסגרו. עד שנת 1936 נסגרו זה אחר זה בתי הספר בערים צ'ירפאן, גורנה ג'ומאיה, פרובדיה ובראשית שנת הלימודים נסגר גם בית הספר בקהילת לום. סכנה ממשית של סגירה עמדה בפני בתי הספר היהודיים בקרנובט, סליבן, קזנליק ואפילו ימבול. הסטטיסטיקות לגבי מספר התלמידים היהודים בשנים הקודמות מגלות כי היו אלה בתי הספר הקטנים ביותר מבחינה זו. יוצא דופן היה בית הספר בימבול שהיה אחד מהגדולים יחסית במערכת החינוך היהודי בבולגריה והערכה לאפשרות סגירתו רק העידה על היקף המשבר בפני הקהילות היהודיות.
למרות כל הקשיים בהתפתחותם, בתי הספר של הקהילה נותרו מקום שבו הילדים קיבלו את חינוכם היהודי. במשימה זו הנהלת בתי הספר נעזרה כמובן בחינוך שהילדים קיבלו בבית. בתי הספר נתנו לתלמידיהם גם חינוך עברי, דבר שבדרך כלל המשפחה היהודית בבולגריה לא הייתה יכולה לספק. ההנהגה הציונית של הקהילה הכניסה בבית הספר גם חינוך ציוני ופעילות למען הרעיון הארץ ישראלי. הרעיון תפס מקום מכובד בכל ספרי הלימוד של בתי הספר היהודיים ובכל הפעילות מחוץ לכיתה. אחד מהביטויים של החינוך הציוני וארץ ישראלי היה שיתוף הפעולה עם הקומיסריון הראשי של קרן קיימת לישראל בבולגריה שסיפק חלק מהחומר והציוד הלימודי לבתי הספר הקהילתיים כמו כתבי עת פדגוגיים, תמונות ומפות של א"י וכו'.
תחת הוראות הקומיסריון בבתי הספר של הקהילה התנהלה בהצלחה פעילות למען הקרן. היא התנהלה על ידי מורה-נציב בכל מקום ובחלק גדול מבתי הספר היו גם תלמידים נציבים, אחראים לפעילות לטובת הקרן ולתרומת סכומים למענה. בדרך כלל הסכומים אשר הילדים תרמו לקק"ל היו קטנים ומטרתם הייתה יותר סמלית – ללמד את התלמידים על הקרן ופעילותה על ארץ ישראל וליצור בהם הרגל לתרום לרעיון הארץ ישראלי. בנוסף לכך לא הופסקה הפעילות למתן חינוך דתי והתלמידים בסופיה, למשל, ביקרו בתפילות יום השבת, שאורגנו על ידי בתי הספר.
המצב הכלכלי הקשה של יהודי בולגריה ושל הקהילות היהודיות סיכן את התפתחות בתי הספר שלהן וכך גם החינוך היהודי אשר הם נתנו לדור הצעיר. הנהגת הקהילה האמינה, כי קיום בתי הספר הללו הוא אחד מהתנאים החשובים לעצירת ההתבוללות בקרב היהודים ולהבטחת חינוך עברי של הילדים. במטרה למצוא פתרון לבעיות הכספיות בפני מערכת החינוך, החליטו הגורמים בקהילה לייסד קרן "תרבות" בדומה לקהילות יהודיות אחרות באירופה.
חלק מהמטרות של "תרבות" כוונו אל מחוץ למערכת בתי הספר היהודים. מצד אחד הייתה שאיפה לחזק את הפעילות התרבותית והדתית בקהילה על ידי הרצאות פופולאריות בתחומי ההיסטוריה, הגיאוגרפיה, הספרות היהודית וכו'. מצד שני, הקרן הייתה צריכה לחזק את תנועות הנוער היהודיים בבולגריה ותהליך העברות בהן, כהמשך של בתי הספר הקהילתיים.
המנהלים והמורים הראשיים בכל בית ספר היו צריכים לכנס בתחילת שנת הלימודים פגישות של ההורים והמורים, כדי להסביר את מטרות הארגון "תרבות" ואת חשיבותו וכמו כן את חשיבות ההכנסות למען הקרן לידו. במהלך השנה ביקר המפקח יצחק נבון בבתי הספר וניצל את ביקוריו להצגת הסיבות, אשר הביאו ליסוד הארגון "תרבות", מטרתו ודרכי פעילותו שהתחילה כבר באותה שנת לימודים.
יחד עם הקורסים להשתלמות של המורים, אשר כבר לימדו במערכת החינוך של הקהילה, בשל המחסור המתמשך בשנים האחרונות במורים למקצועות העבריים, הקונסיסטוריה נאלצה לפתוח קורס להכשרת מורים חדשים. למטרה זו הקונסיסטוריה ארגנה בשנת הלימודים 1936/37 קורס דו-שנתי להכשרת מורים.
תכנית הקורס כללה שיעורים במקצועות עבריים, טכניים והכשרה פדגוגית. הכללת המקצועות הטכניים בתכנית היא אות לכיוון החדש במערכת החינוך של הקהילה בשנים הללו. תנאי החיים אילצו את הקונסיסטוריה ואת מחלקת החינוך לידה לחפש דרכים חדשות לדאוג לעתידם של חניכי בתי הספר היהודיים. לפיכך בשנות השלושים היה לחינוך המקצועי מקום חשוב בתכנית הקונסיסטוריה. למרות שגם קודם נפתחו קורסים מקצועיים מטעם הקהילה, הרי שבתקופה זו היו מאמצי הקונסיסטוריה מאורגנים יותר, במיוחד לאחר הכנסת הארגון "אורט" לבולגריה ועזרתו במאמצים הללו.
למרות כל המכשולים אשר עמדו בפני בתי הספר היהודיים ובעיקר בפני המורים המלמדים בהם, רוב ההגבלות, ששם השלטון, לא יצאו לפועל. משרד החינוך הוציא אישורי הוראה לכל המורים שלא הייתה להם השכלה פדגוגית מתאימה ואפילו השאלה ביחס להחלפת המורים היהודים, המלמדים את שלושת מקצועות החובה במורים בולגריים, לא עלתה על סדר היום אחרי 1938 והמורים הללו גם קיבלו אישורים להמשיך בעבודתם.
מספר פגישות בין חברי הקונסיסטוריה המרכזית לגורמים במשרד החינוך בזמן ההוא עסקו בסכומים הגבוהים אשר בתי הספר היהודיים, כמו בתי הספר של רוב המיעוטים האחרים בבולגריה, היו צריכים לשלם עבור קיומם, וכמו כן הסכומים אשר המורים היו צריכים לשלם עבור רישיון עבודה מדי שנה. מכיוון שמתשלום הסכומים האלה היו פטורים בתי הספר והמורים התורכים, עשתה מחלקת החינוך ניסיונות רבים כדי שפטור דומה יחול גם על מוסדות החינוך של הקהילה היהודית. למרות חששות מנהיגי היהדות לאור המצב הפוליטי בכל אירופה בשנים הללו, הממשלה פטרה מתשלום את כל בתי הספר של המיעוטים.
בסוף שנות השלושים של המאה ירד מספר בתי הספר היהודיים וכמו כן מספרם של הילדים שלמדו בהם. כך נמשך התהליך אשר התחיל בראשית העשור. בשנת הלימודים 1937/38 היו לקהילה אחד עשר גני ילדים בשמונה ערים, שמונה עשר בתי ספר יסודיים וחמש פרו-גימנסיות שבהם ביקרו סה"כ 2,814 ילדים. הירידה במספר התלמידים נבעה בעיקר מהעברת ילדים נוספים למוסדות חינוך ממשלתיים או זרים בקהילות הגדולות.
בשנת הלימודים 1939/40, כתוצאה מהסתירות בין ועד בתי הספר של הקהילה ומחלקת החינוך, נסגר בית הספר לקהילה האשכנזית בסופיה. המחלקה ראתה בזה כישלון ניסיונה לשילוב ילדים נוספים, והטילה את האחריות על כך על ועד בתי הספר בסופיה. לא כך נראו פני הדברים מצדו של הועד בבירה. לדעת חבריו של הועד, יוזמת מחלקת החינוך להפוך את הכיתות הבודדות לבית ספר יסודי רגיל עם גן ילדים לידו, הייתה מעבר ליכולת הכלכלית של הקהילה. העובדה, שנוכחות הילדים בגן הייתה נמוכה מאוד וחלקם הגדול של תלמידי הכיתה א' הועברו מבית הספר המרכזי, היו סיבות נוספות להתנגדות ועד בתי הספר להמשך פעילותו של בית הספר החדש.
סכסוך נוסף בין מחלקת החינוך לוועד בתי הספר בסופיה נוצר עקב החלטת הועד לאחד חלק מהכיתות ולהפחית את מספר שעות העבודה של המורים במטרה לא לפטר אף אחד מהם. גם בעניין זה לכל צד היו את טיעוניו שלו, כך שהסתירות בין המוסד המרכזי האחראי לחינוך היהודי ובין ועד הקהילה הגדולה נשארו ללא פתרון.
אחת הדאגות של מחלקת החינוך הייתה להמשיך ולהשלים את החינוך היהודי והעברי של התלמידים היוצאים מבתי הספר של הקהילה. למטרה זו ארגנה המחלקה קורסים מיוחדים. הם נפתחו במספר מקומות כמו סופיה, חסקובו, רוסה, וידין ופלובדיב ולימדו בהם מורים מבתי הספר היהודיים. האמצעים הכספיים לסבסודם באו בעיקר מהתקציב של קרן "תרבות". למרות הישגי הקורסים, הצלחת המאמצים של מחלקת החינוך הייתה חלקית. כדרך להשלמת המשימה הנהגת הקהילה ראתה בפעילות תנועות הנוער היהודיות, אולם לדעתה גם התנועות הללו לא הצליחו להחדיר את תהליך עברות בפעילותן. לכן, כאשר בסוף שנות השלושים התחילו מאמצים לחידוש פעילותה של "ההסתדרות לשפה ולתרבות עברית בבולגריה", ראתה בזה מחלקת החינוך הזדמנות למימוש שאיפותיה בתחום החינוך העברי של הילדים.
מוקד תשומת הלב של מחלקת החינוך היו לא רק התלמידים המסיימים את בתי הספר הקהילתיים, אלא גם הילדים אשר למדו מסיבות שונות בבתי הספר הממלכתיים. לדעת חברי המחלקה עליה היה לדאוג לחינוכם היהודי של התלמידים האלה והדבר נעשה בעיקר באמצעות שיעורי דת שאורגנו עבורם. בכל התקופה הנדונה, הוסדר העניין על ידי הוראות משרד החינוך משנת 1915, אך בסוף שנות שלושים גברו המקרים של סירוב מצידם של מנהלי בתי הספר הבולגריים לחייב את התלמידים היהודים לבקר בקורסי דת, המאורגנים על ידי הקהילה. עקב המאמצים של מחלקת החינוך, הוציא משרד החינוך בראשית 1939 חוזר חדש בעניין, ובו חייב את התלמידים היהודים בבתי הספר הממשלתיים להשתתף בקורסים, קבע את הימים שבהם הקורסים הללו יתקיימו וגם קבע שהם יערכו בתוך בתי הספר העממיים. בבירה סופיה, בגלל המספר הגדול של ילדי הקהילה הלומדים במוסדות החינוך הממשלתיים, הוסכם עם משרד הפיקוח המחוזי ששיעורי הדת יתקיימו גם בימים אחרים מלבד אלה שנקבעו על ידי משרד החינוך בחוזר שלו וכמו כן יתקיימו בבתי הספר היהודיים המקומיים.
לצרכי הקורסים, ערכה המועצה הפדגוגית העליונה תכנית לימודים מיוחדת, אשר אושרה על ידי משרד החינוך. לפיה אורגנו קורסים ברוב בתי הספר היסודיים של הקהילה ובפרו-גימנסיה היהודית בפלובדיב שבהם ביקרו הילדים היהודים שלמדו בבתי ספר בולגריים באותן ערים. אך הקורסים שוב עוררו סתירות בין מחלקת החינוך של וועד בתי הספר בקהילת סופיה. בשנת 1939, למרות כל המאמצים שנעשו ולמרות הוראת משרד החינוך, מכלל הילדים שנרשמו לשיעורי הדת בסוף שנת הלימודים, נשארו רק 15%-20% בלבד. לדעת ועד הבירה התוצאות לא הצדיקו את המאמצים שנעשו. חברי הועד ראו בניסיונה של מחלקת החינוך להפוך את הקורסים לחובה, סכנה להישגים של התלמידים היהודים, בעיקר מהפרו-גימנסיות הממשלתיות. הסיבה הייתה שחלק גדול מהילדים גרו ברבעים מרוחקים ממרכז העיר, בו נמצאו בתי הספר היהודיים ושם נערכו הקורסים. כך, לא יכלו ילדים אלה להגיע לשיעורים, ובמידה והם היו חובה, התלמידים לא יכלו לקבל ציון במקצוע זה, ציון אשר נדרש לסיום הלימודים.
סיבה נוספת הייתה אי אפשרותה המעשית של הקהילה לארגן שיעורי דת לכל הילדים היהודים מבתי הספר היסודיים והפרו-גימנסיות העממיים שמספרם בסוף שנות השלושים הגיע ליותר מאלפיים. קהילת סופיה לא יכלה לקחת על עצמה גם את סבסוד הקורסים בגלל המצב הכספי הקשה שלה. ועד בתי הספר התנגד לרעיון לגבות סכומים מהמשתתפים בקורסים, בגלל העיקרון לחינוך יסודי חינם במדינה והמודעות למצבם הכלכלי של חלק גדול מהמשפחות היהודיות בעיר. הסכום המוערך הנדרש לכיסוי ההוצאות בקורסים היה מעבר ליכולתם של הועד, והקהילה לא יכלה לכלול אותו בתקציב. לכן הועד הציע למחלקת החינוך שההוצאות יכוסו על ידי קרן "תרבות". הסתירות בעניין גביית התשלומים מהתלמידים מנעו מהצדדים להגיע להסכמה והובילו את ועד בתי הספר בסופיה להחלטה לא לארגן בשנת הלימודים הבאה שיעורי דת לתלמידים היהודים מבתי הספר הממלכתיים בבירה. בנוסף, באותה שנה גם משרד המפקח העירוני בסופיה לא שלח הוראה לבתי הספר בעיר, שבהם למדו ילדים יהודים, לחייב אותם להשתתף בשיעורי דת, כפי שהיה בשנה הקודמת.
בראשית שנת 1941 התקבל בבולגריה "החוק להגנת הלאום" אשר הטיל הגבלות על האוכלוסייה היהודית. אף על פי כן בתי הספר של הקהילה לא נסגרו מיד. הם המשיכו לפעול למרות החקיקה האנטישמית. החוק שם קץ לפעילות תנועות הנוער היהודיות במדינה, שהיוו המשך של עבודת בתי הספר בתחום החינוך היהודי והעברי. כתוצאה ובמטרה למצוא צורת ארגון חדש לגבי הנערים היהודיים מחוץ לבתי הספר, מחלקת החינוך פנתה אל משרד הפנים בשאלה, האם לפי הוראות החוק החדש ועדי בתי הספר של הקהילות היהודיות יכולים לארגן עדיין קורסים לשפה וספרות עברית והיסטוריה יהודית. לאחר שהתקבלה תשובה חיובית בעניין, המחלקה שיגרה לוועדי בתי הספר חוזר, שבו המליצה פתיחת קורסים מסוג זה בכל מקום שבו התנאים מאפשרים.
המאמצים לשלב ולכלול את התלמידים היהודים מהפרו-גימנסיות בקורסים ללימוד השפה העברית, לא תמיד הביאו לתוצאות המצופות והרצויות. הסיבות לכך היו בעיקר המספר הקטן של שעות הלימודים והמחסור במורים מוכשרים ובספרי לימוד. אפילו כאשר נמצא ספר מתאים ללימודים, עדיין מחירו היה גבוה מדי ורוב התלמידים, שבאו בעיקר ממשפחות עניות, לא יכלו לאפשר לעצמם לרוכשו. מחיר הספרים היה גבוה גם ליכולתם הכספית של חלק מוועדי בתי הספר היהודיים, אשר ביקשו עזרה כספית ממחלקת החינוך וקרן "תרבות" כדי לרכוש מספר מסוים של ספרי לימוד לצרכי הקורסים.
בשנת הלימודים 1941/42 נמשכו החיים בבתי הספר היהודיים כרגיל. במספר מקומות הלימודים התחילו באיחור בגלל מגיפה של שיתוק ילדים, ובחורף 1942 הם הופסקו לתקופה קצרה בגלל הטמפרטורות הנמוכות באותה שנה. בעיר וידין שעל שפת הדנובה, הופרעה הפעילות הסדירה של בית הספר היהודי עקב השיטפון הגדול בעיר. למרות שבנין בית הספר של הקהילה נמצא בחלק הגבוה ביותר של העיר ולא נפגע מהאסון, הוא שימש מקלט לכל התושבים שבתיהם הוצפו והם איבדו את רוב רכושם. כך בחודש מרץ הופסקה שנת הלימודים וכל התלמידים עברו לכיתה הבאה לפי ההחלטה וההוראה של המפקח המחוזי.
מפקחי בתי הספר מטעם הממשלה המשיכו לבקר ולפקח את מוסדות החינוך של הקהילה היהודית למרות החוקים האנטישמיים במדינה וההגבלות כלפי היהודים. פעילותם של המוסדות אלה, בניגוד לפעילותם של ארגונים שונים בקהילה, לא נאסרה והם נחשבו חלק ממערכת החינוך של המדינה, הדואגת לחינוכם של ילדי המיעוט היהודי. לא נאסרה גם הפעילות הציונית והעברית בתוך בתי הספר. במספר קהילות נפתחו שוב קורסים ללימודי עברית והשיעורים בשפה זו המשיכו להיות חלק מתכנית הלימודים הסדירה. במקומות שבהם תהליך העברות הואט בגלל המחסור במורים לעברית, ניסתה הנהלת בתי הספר לנצל את זמנם החופשי של התלמידים בהפסקות למשחקים ושירים בעברית וכך להשלים את חוסר השיעורים הסדירים.
גם שנת הלימודים 1942/43 נפתחה כהלכה בכל בתי הספר היהודיים ברחבי בולגריה ורק לאחר חודש מאי 1943 החלו שינויים בפעילותם. באותו חודש החל גירוש כל יהודי הבירה סופיה, אשר היוו יותר ממחצית מהאוכלוסייה היהודית בבולגריה. עם הגירוש נסגרו גם מוסדות החינוך של הקהילה. היהודים הועברו לערים שונות בבולגריה שבהן היו קיימות קהילות יהודיות. מאוחר יותר התווספו ליהודי סופיה היהודים מקהילות סטרה זגורה וקזנליק, אשר גורשו משתי הערים האלה.
גירוש יהודי סופיה נמשך כחודש. במקומות רבים, למרות מאמצי הקהילות המקומיות לקלוט את הפליטים בקרב המשפחות היהודיות, אוכסנו חלק מהמגורשים בבנייני בתי הספר היהודיים. במקומות אלה הופסקו הלימודים עד סוף השנה וכל הילדים עברו לכיתה הבאה. מאחר שבנייני בתי הספר היהודיים הפכו מקלט למגורשים, שנת הלימודים 1943/44 לא החלה בזמן. בחלק מהמקומות התלמידים לא חזרו ללמוד באותה שנה, ובמספר ערים התקיימו הלימודים רק לתקופות קצרות. כך לדוגמא, בקהילת וידין, אף על פי שלא הייתה אפשרות לנהל את הלימודים בבניין בית הספר היהודי בגלל הפליטים אשר נמצאו בו, הרי שבזכות המפקח המחוזי נמצא פתרון חלופי. בתחילת שנת הלימודים התקבלה החלטה לשמור על בית הספר היהודי בעיר ואף להרחיבו עם שלוש המחלקות של הפרו-גימנסיה בשל המספר הגדל של תלמידים אחרי הגעתם של הפליטים מסופיה. בין היתר, הועלה רעיון כי לכשיפונה בניין בית הספר היהודי, ניתן יהיה לנהל את הלימודים בבניין בית הספר התורכי, כאשר התלמידים היהודים ילמדו אחרי הצהריים. הלימודים החלו ב-2 לנובמבר בבניין אחד מבתי הספר הבולגריים בעיר, ובבית הספר התורכי התחילו הלימודים של הפרו-גימנסיה היהודית.
בעקבות ההחלטות אשר התקבלו בפגישה שהתקיימה ב-16 לספטמבר בין הנציג ליד הקהילה היהודית בוידין ומפקח בתי הספר המחוזי, הוציא הקומסריון לענייני היהודים הוראה לפתיחת פרו-גימנסיה יהודית בעיר. אחד מהסיבות להחלטה זו הייתה ההגבלות החדשות אשר הוטלו על היהודים בבולגריה ולפיהן התלמידים היהודים לא יכלו ללמוד יחד עם הילדים הבולגריים. לניהול הלימודים בפרו-גימנסיה מונו שלושה מורים בולגרים. התלמידים אמנם לא למדו לפי תכנית הלימודים של הפרו-גימנסיות היהודיות, אשר היו קיימות בבולגריה עד לפני פרוץ המלחמה, אך לפחות הם לא איבדו את כל שנת הלימודים כפי שהיה בקהילות אחרות.
במחצית שנת הלימודים 1943/44 הופסקו הלימודים בבתי הספר ליהודים בוידין לפי ההוראות של הקומיסריון וזמן קצר לאחר מכן, בגלל המצב הפוליטי והפצצות חיל האוויר האמריקאי על בולגריה, הופסקו הלימודים בכל בתי הספר במדינה. במצב החדש, הקהילות היהודיות בבולגריה חיפשו דרכים שונות להשלים את הלימודים של ילדי הקהילה. נפתחו קורסים קצרים להשלמת החומר והתלמידים נגשו למבחנים במקצועות הנלמדים כתלמידים פרטיים.
התנאים שבפניהם הועמדו בתי הספר היהודיים בבולגריה השתנו שוב עם החלפת המשטר הפוליטי במדינה ב-9 לספטמבר 1944. לאחר ההפיכה הקומוניסטית הממשלה החדשה ביטלה את כל החוקים האנטישמיים. בתי הספר בבירה סופיה ובשאר הקהילות שנסגרו בשנות מלחמת העולם השנייה נפתחו מחדש. מספר בניינים שופצו לאחר שנפגעו בהפצצות או שימשו מטרות הצבא בזמן המלחמה. זה אחר זה נפתחו מוסדות החינוך של הקהילה בערים פלובדיב, רוסה, פזרג'יק, בורגס, פלבן, קיוסטנדיל, דופניצה, ימבול ווידין.
בשנים הראשונות של השלטון הקומוניסטי בבולגריה בתי הספר היהודיים המשיכו להתקיים, המדינה אף לקחה על עצמה את החזקתם והם קיבלו מעמד שווה לבתי הספר הממשלתיים. הדת היהודית בוטלה כמקצוע בתכנית הלימודים, אך נמשך לימוד השפה העברית. שאר המקצועות היו זהים לאלו הנלמדים במערכת החינוך הציבורית ולפי אותם ספרי לימוד. אחרי שנת 1949 והעלייה ההמונית של יהודי בולגריה לארץ ישראל, מצבה של הקהילה השתנה. מעטים מהיהודים נשארו בבולגריה ולכן הועידה של הקהילות היהודיות קיבלה החלטה לסגור את בתי הספר היהודיים. הילדים אשר ביקרו במוסדות החינוך של הקהילה עד אז, עברו לבתי הספר הציבוריים.
עם העברת השלטון בקהילה לידי הקומוניסטים הסתיימה תקופה ארוכה של דומיננטיות ציונית ושל ניסיון ליישם בבתי הספר היהודיים את הרעיון הציוני. אחד מהמפעלים החשובים של ההנהגה הציונית היה הניסיון לעברות מוסדות החינוך של הקהילה. הצלחתו הייתה חלקית, למרות המאמצים הגדולים אשר נעשו, עקב התנאים הקשים בהם נמצאו בתי הספר, וחוסר יכולתם לעמוד בפני ההוצאות הגדולות אשר נדרשו לביצוע התהליך. סיבות נוספות לכך היו המכשולים מצד השלטון וההשתלבות המהירה של היהודים בחברה הבולגרית. בשנים בין שתי מלחמות העולם מרבית היהודים, למרות תמיכתם ברעיון הציוני, ראו את עתידם בבולגריה. רק לאחר שנות מלחמת העולם השנייה ויסוד מדינת ישראל, הפכה סוגית העלייה למקובלת כך שרוב יחידי הקהילה עזבו את בולגריה.
[1][63] השופר, שנה 25, גיליון 23, פלובדיב, 2.3.1934, עמ' 1.
[2][64] שם, שנה 23, גיליון 27, פלובדיב, 8.4.1932, עמ' 4; דו"ח של הקהילה היהודית בסופיה לתקופה מ-19.5.1932 עד 31.12.1935 (סופיה, 1936), עמ' 17.